Экспозиционная зона
А. Зона открытого показа:
- - курган в поле (Усть-Серта I),
- - реконструкция погребальной камеры в кургане (Шестаково II),
- - реконструкция земляного вала и жилища городища (Шестаково I),
- - разрез геологической колонки Шестаковского яра,
- - слой залегания фоссилий мелового периода (Шестаково II),
- - транслоцированная усадьба переселенца,
- - транслоцированная усадьба зажиточного сибиряка (в 40-80 гг. XX в. здание бывшего магазина, вывезенного в с. Усть-Серта в 1999 г.),
- - усадьба колхозника (реконструкция),
- - усадьба чулымских татар (реконструкция),
- - селькупское жилище (реконструкция),
- - промысловый участок старателя-золотодобытчика (реконструкция).
Б. Музейный выставочный павильон:
- - экспозиция «История села»,
- - экспозиция «Животные мелового периода»,
- - экспозиция «Шестаковский археологический комплекс»,
- - экспозиция «Шестаковское болото»,
- - экспозиция «Животный и растительный мир Средне-кийской микрокотловины»,
- - экспозиция «Река Кия»,
- - экспозиция «Геология и минералогия Кузнецкого Алатау». В. Лекторий.
Объекты неэкспозиционной инфраструктуры
Офис. Помещение, где размещается дирекция музея, хозяйственный отдел, бухгалтерия, служба охраны и безопасности и другие службы, обеспечивающие деятельность музея-заповедника по организации туристской работы на его территории.
Музейный павильон. Помещение, где располагаются музейные фонды, научный отдел, библиотека, камеральная лаборатория.
Хозяйственный комплекс. Помещения, где располагается склад инвентаря и различного оборудования, гараж, помещение для обслуживающего персонала.
Пункт первичного приема туристов (въездная зона). Касса, туалеты, помещение для дежурного охранника, парковочная площадка для автомобилей.
Туркомплекс в с. Шестаково. Помещение для дирекции и обслуживающего персонала туристической фирмы в с. Шестаково. База проката. Склад туристского оборудования, снаряжения и техники (рюкзаки, палатки, спальные мешки, посуда, лыжи, лодки, рыболовные снасти, снегоходы, квадроциклы и пр.). Гостиница: летнее и зимнее помещения. Блок питания: кухня, столовая, склад для хранения продуктов и кухонного инвентаря.
Туркомплекс в с. Чумай. Помещение для обслуживающего персонала туристической фирмы в с. Шестаково. База проката. Склад туристского оборудования, снаряжения и техники (рюкзаки, палатки, спальные мешки, посуда, лыжи, лодки, рыболовные снасти, снегоходы, квадрацыклы и прочее). Гостиница: летнее и зимнее помещения. Блок питания: кухня, столовая, склад для хранения продуктов и кухонного инвентаря.
Торговый блок. Продуктовый киоск, сувенирная лавка.
Рекреационные зоны
А. Зона активного отдыха в с. Шестаково иве. Чумай: волейбольная и баскетбольная площадки, площадка для игры в «городки», качели, горки, ходули, другие народные игры.
Б. Зона пассивного отдыха: скамейки, столики, навесы, беседки.
База учебных практик в с. Шестаково. Площадка для студенческого палаточного городка, помещение для хранения инвентаря, крытое летнее помещение для полевой обработки материалов, летняя кухня, столовая.
