ИНТЕГРИРОВАННЫЕ ПАКЕТЫ ПРОГРАММ
Chem3D (www.cambridgesoft.com)
Входящая в состав коммерческого программного пакета ChemOffice программа Chem3D предназначена для моделирования молекулярных структур и графической визуализации молекул и белков, участвующих в химических и биологических процессах. Обеспечивает визуализацию и просмотр молекулярных поверхностей, орбиталей, электростатических потенциалов, плотности заряда и плотности вращения. Использует данные программ Gaussian, GAMESS, Jaguar, МОРАС. Для расчета свойств молекул применяется расширенный метод Хюккеля, в расчетах методами молекулярной механики — силовые поля ММ2, MMFF94.
HyperChem (www.hyper.com)
Программный комплекс HyperChem (последняя версия 8.0) включает программы, реализующие квантовохимические методы расчета «из первых принципов» и полу- эмпирические методы, а также методы моделирования в молекулярной механике и молекулярной динамике. Силовые поля, используемые в HyperChem, — ММ+ (на базе ММ2), Amber, OPLS и BIO+ (на базе CHARMM). Реализованы полуэмпирические методы: расширенный метод Хюккеля, CNDO, INDO, MINDO/3, MNDO, AMI, РМЗ, ZINDO/1, ZINDO/S. Возможность расчетов методами ССП МО ЛКАО и по теории возмущений Меллера-Плессе второго порядка. Комплекс обладает развитыми средствами визуализации, которые могут использоваться как при подготовке входной информации (структуры молекулы), так и при анализе результатов, например рассчитанных характеристик ИК- и УФ-спектров. Основной интерес HyperChem может представлять для биохимиков, так как особенности реализации программы (легкость построения самых сложных молекул и кластеров, использование методов молекулярной механики и т. д.) позволяют в наглядной форме исследовать свойства биомолекул и их систем. Распространяется на коммерческой основе.
NWChem
(www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/nwchem.html)
В некоммерческом пакете NWChem (Northwest Computational Chemistry Software) реализовано большое количество расчетных квантовомеханических методов: «из первых принципов», полуэмпирические, молекулярной механики и динамики, методы Монте-Карло. Предназначен для расчетов как на высокопроизводительных параллельных суперкомпьютерах, так и для обычных кластеров рабочих станций.
SPARTAN (www.wavefun.com)
В программный комплекс (последняя версия — SPARTAN’08) интегрированы методы молекулярной механики (силовые поля SYBYL и MMFF94); полуэмпирические методы квантовой химии (MNDO, AMI, RM1 и РМЗ) с различными моделями учета сольватационных эффектов; методы квантовой химии «из первых принципов» — ССП МО ЛКАО, теория возмущений Меллера-Плессе второго порядка. Имеются встроенные базисы STO-3G, 3-21G, 6-31G, 6-311G, cc-pVDZ, cc-pVTZ и cc-pVQZ. Комплекс обладает развитыми графическими средствами GUI и имеет интерфейсы с другими программами.
