ПРОГРАММЫ ДЛЯ МОДЕЛИРОВАНИЯ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ

Amber (ambermd.org)

Программный комплекс Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) состоит из набора силовых полей для моделирования макромолекулярных структур (белки, нуклеиновые кислоты и ряд других классов молекул) и пакета программ квантовой и молекулярной механики (около 50 программ в последней версии Amber 10). Данный комплекс не рекомендуется использовать для расчетов свойств материалов. Пакет находится в открытом доступе.

CHARMM (www.charmm.org)

Пакет программ CHARMM (Chemistry at HARvard Ma- cromolecular mechanics) используется для молекулярного моделирования различных систем — от небольших молекул до сольватированных комплексов биологических макромолекул с применением различных энергетических функций и моделей — от квантовых моделей и силовых полей в молекулярной механике до полноатомных классических потенциалов.

COSMOS (www.cosmos-software.de)

Коммерческий пакет (последняя версия COSMOS 5.0 Pro) предназначен для компьютерного моделирования молекулярных структур, в том числе кристаллических, на основе гибридных силовых полей и различных методов молекулярной динамики. Пакет также используется для расчетов спектров ЯМР, включая тензоры химического сдвига.

CPMD (www.cpmd.org)

В программе CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics) применяется распределенная реализация теории функционалов плотности с использованием плоских волн и псевдо- потенциалов для расчетов «из первых принципов» в молекулярной динамике. Для некоммерческих организаций является бесплатной.

DLJPOLY

(www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY/)

Пакет для моделирования молекулярной динамики сложных систем с проведением как последовательных, так и параллельных расчетов. В настоящее время доступны две версии: DL_P0LY_2 и DL_P0LY_3. В первой версии возможны параллельные расчеты с обработкой повторяющейся информации (моделирование до 30 000 атомов на 100 процессорах), во второй версии параллельные расчеты могут проводиться с декомпозицией расчетных областей (расчет до 1 млн атомов с использованием от 8 до 1024 процессоров). Имеется в свободном доступе для исследовательских целей.

GROMACS (www.gromacs.org)

Обширный пакет программ для быстрого моделирования динамики крупных молекулярных систем (от тысяч до миллионов частиц). Предназначается главным образом для моделирования биомолекул (белки и липиды), имеющих много связанных взаимодействий между атомами. Работает в среде Linux и распространяется свободно.

LAMMPS (lammps.sandia.gov)

Некоммерческий пакет LAMMPS (Large-scale Atomic/ Molecular Massively Parallel Simulator) использует методы классической молекулярной динамики для моделирования и расчетов полимеров, биомолекул, твердых веществ (металлов, полупроводников и т. п.), а также крупнозернистых мезоскопических систем в атомном, мезоскопическом и континуальном масштабах.

MacroModel (www.schrodinger.com)

Коммерческий пакет предназначен для расчетов молекулярных систем на основе моделей силовых полей.

MacroModel используется также для исследований молекулярных конформаций, движения молекул, межмолекулярных взаимодействий, в частности в системах лиганд- рецептор.

МОЕ

(www.chemcomp.com)

МОЕ (Molecular Operating Environment) — комплекс программ для моделирования молекул, в частности больших биомолекул. Методы молекулярной механики и динамики разработаны в нем на основе различных силовых полей.

NAMD

(www.ks.uiuc. edu/Research / namd/)

Параллельная объектно-ориентированная программа для расчетов в области интерактивной молекулярной динамики, в частности для моделирования больших биомолекул ярных систем, требующего значительных ресурсов. Программный код свободно распространяется для различных параллельных вычислительных платформ.

PCModel

(www.serenasoft.com)

Коммерческий пакет для моделирования различных молекулярных структур с использованием различных силовых полей в молекулярной механике. Поддерживает многие квантовохимические программы расчетов «из первых принципов» (ADF, Jaguar, Q-Chem, Turbomole и др.)

TINKER

(dasher.wustl.edu/tinker/)

Свободно распространяемый пакет программ для молекулярной механики и динамики. Доступны разнообразные инструменты для оптимизации геометрии молекул, нахождения геометрии переходных состояний и т. д. Силовые поля — ММ2, ММ3, AMBER и др. Возможно моделирование больших биологических молекул.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ ОРИГИНАЛ   След >