Метод молекулярной динамики при изучении структуры и конформационной динамики макромолекул на поверх

ВведениеМолекулярно-динамический подход в проблеме описания конформационных перестроек макромолекулярных структурМетод молекулярной динамикиЛанжевеновская динамикаВычислительные алгоритмыЗадание начальных координат и скоростейВыбор шага времени интегрированияУстойчивость интегрированияАнализ динамических траекторийМолекулярная динамика канонического и изотермически-изобарического ансамблейМолекулярно-динамическое моделирование при постоянной температуреМолекулярная динамика NPT-ансамбляВычисление свободной энергииФункция потенциальной энергииЭмпирические силовые поляРазработка эмпирических силовых полейПроцедуры оптимизации, используемые в эмпирических силовых поляхРасширение силовых полейВыбор модельных соединенийИдентификация целевых данных, создание топологии и первоначальный отбор параметровОптимизация параметровКритерии сходимостиКонформационная оптимизацияМинимизацияМоделирование отжигаКонформационный анализПериодические граничные условияКрупнозернистая молекулярная динамикаМолекулярно-динамическое моделирование с помощью программного комплекса NAMDПрограммный комплекс VMDАдсорбция полипептида на углеродной нанотрубкеСписок использованных источников
 
РЕЗЮМЕ След >