Метод молекулярной динамики при изучении структуры и конформационной динамики макромолекул на поверх

Введение Молекулярно-динамический подход в проблеме описания конформационных перестроек макромолекулярных структур Метод молекулярной динамики Ланжевеновская динамика Вычислительные алгоритмы Задание начальных координат и скоростей Выбор шага времени интегрирования Устойчивость интегрирования Анализ динамических траекторий Молекулярная динамика канонического и изотермически-изобарического ансамблей Молекулярно-динамическое моделирование при постоянной температуре Молекулярная динамика NPT-ансамбля Вычисление свободной энергии Функция потенциальной энергии Эмпирические силовые поля Разработка эмпирических силовых полей Процедуры оптимизации, используемые в эмпирических силовых полях Расширение силовых полей Выбор модельных соединений Идентификация целевых данных, создание топологии и первоначальный отбор параметров Оптимизация параметров Критерии сходимости Конформационная оптимизация Минимизация Моделирование отжига Конформационный анализ Периодические граничные условия Крупнозернистая молекулярная динамика Молекулярно-динамическое моделирование с помощью программного комплекса NAMD Программный комплекс VMD Адсорбция полипептида на углеродной нанотрубкеСписок использованных источников
 
РЕЗЮМЕ След >