МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКАМетод молекулярной динамики (МД) позволяет моделировать детальную микроскопическую картину внутренней подвижности систем, состоящих из молекул. В его основе лежит расчет классических (ньютоновских) траекторий движения взаимодействующих классических частиц в фазовом пространстве их координат и импульсов....
(Основы компьютерного моделирования наносистем)ПРОГРАММЫ ДЛЯ МОДЕЛИРОВАНИЯ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕAmber (ambermd.org) Программный комплекс Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) состоит из набора силовых полей для моделирования макромолекулярных структур (белки, нуклеиновые кислоты и ряд других классов молекул) и пакета программ квантовой и молекулярной механики (около 50 программ...
(Основы компьютерного моделирования наносистем)Метод молекулярной динамикиЗнакомство с методом молекулярной динамики (МД) проще всего начать с рассмотрения схемы простой программы моделирования двумерной системы взаимодействующих частиц при постоянной температуре. Программа включает в себя следующие процедуры: 1. Инициализация. На этом этапе работы программы из специального...
(Методы компьютерного моделирования физических процессов и сложных систем)Неэмпирическая молекулярная динамикаКлассическая молекулярная динамика использует предопределенные потенциалы, которые основаны на эмпирических данных или на независимых электронных структурных вычислениях, и применяется для исследования многочастичных систем. В методе молекулярной динамики главным является вопрос, как описать межатомные...
(Метод функционала плотности для расчета свойств молекул и твердых тел)Молекулярная динамика ЭренфестаСилы вычисляют, решая численно систему уравнений: М, R. (t) = -V, f drT*HeT = - V, ЛРI Не IЧЛ = -V, < И) = -V.VE, (4.19) Й2 , -Z V2 +Vn_e({ri},{R,(t)}) T = HeT. (4.20) i 2me Таким образом, избегают строительства поверхности потенциальной энергии с самого начала, решая нестационарное уравнение Шредингера...
(Метод функционала плотности для расчета свойств молекул и твердых тел)Молекулярная динамика Борна-ОппенгеймераДругим подходом включения электронной структуры в моделирование является прямое решение задачи статической электронной структуры на каждом шаге молекулярно-динамического моделирования для данного набора неподвижных позиций ядер в этот момент времени. Таким образом, расчет электронной структуры сводится...
(Метод функционала плотности для расчета свойств молекул и твердых тел)Молекулярная динамика Кара-ПарринеллоОсновная идея подхода Кара-Парринелло (Car-Parrinello) в использовании квантово-механическом адиабатическом разделении по времени быстрых электронных (квантовых) и медленных (классических) ядерных движений. Это достигается за счет превращения этого разделения в адиабатическое разделение по энергии согласно...
(Метод функционала плотности для расчета свойств молекул и твердых тел)Метод молекулярной динамикиИсходной посылкой метода молекулярной динамики (МД) является хорошо определенное микроскопическое описание физической системы. Она может состоять из нескольких или многих тел и описываться гамильтонианом, лагранжианом или непосредственно уравнениями движения в форме уравнений Ньютона. Метод молекулярной...
(Метод молекулярной динамики при изучении структуры и конформационной динамики макромолекул на поверхностях твердых адсорбентов и в нанокластерах)Молекулярная динамика канонического и изотермически-изобарического ансамблейРанее рассматривалась изолированная (консервативная) система, полная энергия системы частиц была постоянной в процессе моделирования. Во многих случаях более актуальным является выполнение моделирования в других ансамблях, таких как канонический (NVT), который ассоциируется со свободной энергией Гельмгольца,...
(Метод молекулярной динамики при изучении структуры и конформационной динамики макромолекул на поверхностях твердых адсорбентов и в нанокластерах)Молекулярная динамика NPT-ансамбляNPT-ансамбль, описывающий равновесие системы при постоянном давлении и температуре, имеет фиксированное число частиц N9 постоянное давление Р и температуру Т, полный импульс системы равен нулю. Для поддержания температуры используются рассмотренные термостаты [17, 29, 31]. Баростат Берендсена...
(Метод молекулярной динамики при изучении структуры и конформационной динамики макромолекул на поверхностях твердых адсорбентов и в нанокластерах)
|
